검찰은 박 전 보좌관을 상대로 정부의 황 교수 지원 과정에서 압력을 행사했는지 여부 및 2001년 12월~2004년 11월 사이 황 교수로부터 받은 연구비 2억5000만 원을 받게 된 경위 등에 조사를 벌이고 있다.
검찰은 또한 박 전 보좌관이 2004년 논문 공동저자로 이름이 등재된 경위 및 논문조작 사실 인지 시점 등에 대해서도 집중추궁하고 있다.
검찰은 이날 서울대 징계위원회에 출석한 황우석 교수를 소환하지 않고 김선종 연구원 등에 대해서만 소환 조사를 벌이고 있다.
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